年末調整システムとは? 導入のメリットやタイプを解説

年末調整には、従業員への申告依頼や提出状況の確認、未提出者への催促、不備の確認・差し戻しなど、さまざまな業務が発生します。年末調整システムを活用することで、こうした業務を効率化できます。しかし、システムによって対応できる業務範囲や使いやすさ、連携方法などが異なるため、自社に合うシステムをどのように選べばよいかわからない方もいるでしょう。
本記事では、年末調整システムの機能や導入メリット、選び方を解説します。おすすめの年末調整システムもあわせて紹介しますので、自社の課題や現在の運用と照らし合わせながらご覧ください。
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目次
年末調整システムとは
年末調整システムは、従業員の申告データ管理や年末調整計算、書類作成などを効率化します。
年末調整は、従業員の税額を再計算し、関連書類を作成・提出する業務で、担当者にとっては大きな負担です。しかし、年末調整システムを導入することで、業務負担とコストを軽減し、制度改正にも対応できます。
年末調整システムの種類
年末調整システムには、いくつかの種類があります。これらを3つのタイプに分けて解説します。
年末調整はシステムは、以下の3つのタイプに分けられます。
- 年末調整特化タイプ
- 労務管理タイプ
- 給与計算タイプ
年末調整特化タイプ
年末調整特化タイプは、年末調整の業務効率化に特化したシステムです。
質問に答えるだけで申告書類を作成できる機能や、提出書類のまとめや申告データ管理を容易にする機能があります。必要最低限の機能しかありませんが、低価格で導入しやすい点がメリットです。
労務管理タイプ
労務管理タイプとは、人事労務管理システムに年末調整の機能が備わっているタイプのシステムです。
従業員の扶養環境など、年末調整における各種手続きに必要となる従業員のデータと連動できることが大きなメリットといえるでしょう。年末調整業務の効率化に加えて、労務管理システムを導入したい場合におすすめです。
給与計算タイプ
給与計算タイプは、給与計算システムに付随している年末調整関連のシステムです。
給与計算システムと年末調整システムを一体化させることで、給与データに基づいた年末調整の計算が自動的にできます。年末調整業務の効率化と同時に給与計算も自動化させたい場合におすすめです。

年末調整システムを導入するメリット
年末調整システムを導入するメリットを4つ解説します。
- 人的ミスを減らせる
- 作業にかかる手間を軽減できる
- 従業員とのやりとりが円滑になる
- 書類が簡単に作成できる
人的ミスを減らせる
年末調整システムの導入により、年末調整の計算時に発生しやすい転記ミスや計算ミスなどの人的ミスが減少します。
通常の年末調整業務では、書類への記入とその確認作業を多くこなす必要があるため、ミスが発生しがちです。しかし年末調整システムを利用することで、作業担当者の確認事項を減らし、確認漏れなどによるミスを効果的に減少させられるでしょう。
作業にかかる手間を軽減できる
年末調整システムの導入により、書類の作成が必要最低限の作業でできるようになるのもメリットの一つです。年末調整では、従業員の給与・賞与の額や従業員の扶養環境などの情報を入力したり記入したりする必要があります。
しかし、給与管理システムや労務管理ソフトと連携することによって、年末調整に必要な情報を簡単に取り込めます。入力作業にかかる手間を削減できる点は、大きなメリットといえるでしょう。
従業員とのやりとりが円滑になる
年末調整では、従業員からの各種申告書の提出とその内容の管理が必要であり、担当者には大きな負担です。
しかし、年末調整システムを使用すると、書類の提出状況や申請内容をシステム上で確認できます。担当者の負担が軽減され、従業員とのコミュニケーションもシステム上で完結し、申告書に不備がある場合でも再提出の依頼をスムーズに行えます。
書類が簡単に作成できる
年末調整のために、従業員は各種申告書を作成し提出する必要があります。慣れない作業に手間取ってしまう従業員は少なくないでしょう。
しかし年末調整システムは、どこに何を入力すればよいかがわかりやすいように設計されており、従業員の負担を軽減できます。
また、控除証明書はデータとして従業員に送付できるため、ペーパーレス化にもつながるでしょう。
年末調整システムを導入するデメリット
年末調整システム導入のメリットをご紹介しましたが、デメリットにはどのようなものがあるのでしょうか。年末調整の導入によるデメリットを2つ紹介します。
- 導入準備が必要
- 従業員へのアナウンスが必要
導入準備が必要
年末調整システムの導入は、準備に手間がかかるというデメリットがあります。
まず、自社の運用方法に合ったシステムを選定しましょう。これには、予算などを考慮し、時間と労力をかける必要があります。
導入準備の負担を軽減するためには、担当者内でチームを組み、準備を行うことがおすすめです。
従業員へのアナウンスが必要
年末調整システムを導入する際には、システムの仕組みや手続き方法について従業員にあらかじめ周知する必要があります。
システムの操作方法や手続きの手順についてのマニュアルを作成する必要があります。そのため、導入初期には担当者の負担が一時的に増大することが考えられるでしょう。
年末調整システムを選ぶポイント
年末調整システムの導入を検討しているが、システムの選定基準がわからないという方もいるのではないでしょうか。年末調整システムの選定基準について解説するので参考にしてください。
- 導入目的に合っているか
- 適切な料金プランか
- 外部システムと連携できるか
- 入力方法がわかりやすいか
- 管理機能が使いやすいか
導入目的に合っているか
始めに導入する目的を明確にしておくことで、システムの選定をスムーズに実施できます。どのような機能が必要なのか、自社の状況などを踏まえながら担当者と事前に協議しておくとよいでしょう。
適切な料金プランか
年末調整システムは、同じシステムでもサービス内容によって料金が異なります。導入の目的や予算と照らしあわせて、適切な料金プランを選ぶことが重要です。
また、従業員数によって料金が変動するプランもあるので、よく確認しましょう。これは年末調整の対象となる従業員数が対象です。
外部システムと連携できるか
年末調整システムの中には、すでに自社で利用している勤怠・給与管理システムと連携できるものもあります。外部システムとの連携により、業務効率があがるでしょう。そのため、外部システムと連携できるかどうかは、事前によく確認しておくことをお勧めします。
また、連携する際に調整が必要となる場合もあるため、連携にどの程度の手間がかかるかについても調べておきましょう。
入力方法がわかりやすいか
従業員の負担を軽減するため、年末調整システムを選ぶ際は、入力方法の分かりやすさも重要です。アンケート形式のシステムは、質問に答えるだけで申告書が自動生成され、初心者でも簡単に利用できます。
また、ヘルプデスクなどの充実したサポートシステムがあれば、入力方法に困ったときでも安心して利用できます。
管理機能が使いやすいか
年末調整システムを選定するうえで、管理機能が使用しやすいかどうかについてもよくチェックしましょう。システムの中には、申告書の未提出者リストを作成し、対象者に対して催促メールを一括で送信できる機能や、申告書類の提出状況が自動で更新される機能が備わっているものもあります。
それぞれのシステムには特徴があるため、システムの選定の際には重視したい機能を比較して検討することがおすすめです。
年末調整システムのおすすめ一覧
主な年末調整システムを厳選して9種類ご紹介します。(2026年8月時点)
| サービ名 | タイプ | 特徴 |
|---|---|---|
| マネーフォワード クラウド年末調整 | 年末調整特化タイプ | アンケート形式で申告でき、提出・差し戻し状況をみ管理画面で確認可能。他社の給与計算ソフトを継続利用しながら単体導入でき、年税額の自動計算やe-Tax・eLTAXによる電子申告にも対応。 |
| 奉行Edge 年末調整申告書クラウド | 年末調整特化タイプ | 提出状況をリアルタイムで確認でき、未提出者への一括催促や差し戻しに対応。確認後の申告書データをCSV出力して給与システムへ連携でき、給与奉行など一部の奉行製品とは直接連携できます。 |
| One人事[労務] | 労務管理タイプ | PC・スマートフォンからアンケート形式で申告でき、提出・差し戻し状況を一覧で確認可能。One人事[給与]と連携すると、年末調整による還付金・追徴金を給与・賞与へ反映できる。 |
| SmartHR | 労務管理タイプ | 従業員は対話形式のアンケートに回答して申告。管理者は従業員ごとの進捗確認、リマインド、内容確認、差し戻しまでシステム上で行える。前年情報をもとにした回答を引き継ぐことができる。 |
| オフィスステーション 年末調整 | 労務管理タイプ | 従業員は「はい・いいえ」の質問に回答して申告でき、控除証明書を読み取るAI-OCRにも対応。各種給与システムとAPI・CSVで連携でき、労務や給与明細など必要な機能を追加できる。 |
| freee人事労務 | 労務管理タイプ | 一問一答形式で従業員から情報を収集し、入力状況をリアルタイムで確認可能。申告情報をもとに年末調整計算や書類作成、電子申告まで行えるプランも用意されている。 |
| ジョブカン労務HR | 労務管理タイプ | アンケート形式で従業員情報を収集し、申告書を自動作成。管理者はステータス一覧で進捗を確認でき、未入力者へのリマインドも可能。ジョブカン給与計算との連携やCSV出力にも対応する。 |
| 弥生給与 Next | 労務管理タイプ | 従業員の申告情報をWebで収集でき、紙での収集との使い分けも可能。収集した情報と年間の給与データから年税額を計算し、源泉徴収票のWeb配信まで行える。 |
| ジンジャー給与 | 給与計算タイプ | 給与・賞与データや人事情報を年末調整計算に利用でき、年調収集オプションとの連携で申告情報も自動反映。計算した過不足税額を給与・賞与へ反映し、源泉徴収票なども作成できる。 |
年末調整システム運用時の注意点
年末調整システムを運用するうえで、いくつかの注意点を紹介します。
システム管理者の役割
システム管理者は定期的なバックアップ確認を徹底する必要があります。とくに年末調整期間中は、データの重要性が高まるため、毎日のバックアップ状況を確実に確認することが求められます。また、情報セキュリティの観点から、アクセス権限の適切な設定も重要な業務となります。人事異動や退職に伴う権限の変更管理も欠かせません。さらに、システムアップデート情報を常にチェックし、新機能や改善点、セキュリティパッチの適用を適切なタイミングで行うことが必要です。
従業員向けの対応
従業員に対しては、年末調整の入力期限を明確に設定し、全社的な周知を行うことが重要です。期限設定においては、給与計算のスケジュールを考慮し、余裕を持った設定が望ましいです。また、システムの入力方法については、詳細な説明資料を作成し、社内ポータルサイトなどで常時閲覧できる環境を整えることが効果的です。システム操作に不慣れな従業員からの問い合わせに備え、専門の担当窓口を設置することで、スムーズな運用が可能となります。
年間を通じた管理体制
年末調整は年に一度の業務ですが、システムの安定運用には年間を通じた継続的な管理が必要です。とくに税制改正への対応や、システムのバージョンアップなどの重要な更新については、計画的に実施することが望ましいです。また、従業員の異動や入退社に伴うデータメンテナンスも、定期的に実施する必要があります。
まとめ
年末調整システムには、さまざまな種類があり、自社の状況や予算に応じてシステムやプランを選定することが重要です。年末調整だけでなく人事労務に関連する業務全体の効率を上げるためにも、システム導入の際には、システムの特徴や機能を十分に比較し、検討しましょう。
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