所得税とは【わかりやすく】税率や計算例と人事労務との関連を解説

所得税とは、個人の所得に対してかかる国税です。基本的に従業員の毎月の給与から控除（天引き）されています。

前任者の引き継ぎが十分でないまま、給与計算や年末調整の担当になり、そもそもの理解が不十分だと感じている方も少なくありません。

本記事では、所得税の基本的な仕組みから具体的な計算方法まで、わかりやすく解説します。

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目次

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所得税とは？ 基礎からわかりやすく解説

所得税は、個人が1月1日から12月31日までの1年間に得た所得に対して課される国税です。

「所得」とは単純な年収ではなく、収入から必要経費や各種控除を差し引いた、実際に課税対象となる金額を指します。

• 収入：給与や事業で得た売上など「入ってきたお金の総額」
• 所得：収入から、必要経費や各種控除を差し引いた金額

所得税は「収入 −（経費や控除）」で残った部分に、所得税の税率をかけて算出が可能です。

また、所得税は超過累進税率を採用しており、所得が多くなるほど高い税率が段階的に適用されます。すべての所得に一律で高い税率がかかるわけではなく、所得レベルを一定に区分し、その範囲ごとに決められた税率をかけていく仕組みです。

会社員の場合は、毎月の給与支給時に概算の所得税が源泉徴収（天引き）され、年末調整で1年分の正しい所得税額を計算し直して過不足を精算します。

重要なのは、所得税は「収入」ではなく「所得」に対して課税される点です。

• 会社員：給与収入 − 給与所得控除 ＝ 給与所得
• 個人事業主：総収入 − 必要経費 ＝ 事業所得

所得が一定額以下であれば、所得税はかかりません。

▼給与所得控除の考え方や計算方法については、以下の記事もご確認ください。

源泉所得税との違い

所得税と混同されやすいのが源泉所得税です。2つの主な違いは、納税方法です。

会社員の場合、毎月給与から差し引かれ、給与明細に載っているのが、源泉所得税です。所得税の前払いのような性質を持っています。

源泉徴収された金額はあくまで概算額なので、年末調整や確定申告で1年間の所得をもとに税額を計算し直し、払いすぎていれば還付、不足していれば追加納付となります。

源泉所得税のメリットは、納税者の手間が省かれ、国も税収を早期に確保できる点です。

住民税との違い

所得税と住民税も混同される方もいるかもしれません。両者の主な違いは次の3点です。

1．納める先

• 所得税：国に納める「国税」
• 住民税：都道府県・市区町村に納める「地方税」

2．課税されるタイミング

• 所得税：その年の所得に対して、同じ年に課税（現年課税）
• 住民税：前年の所得に対して、翌年の6月頃から1年間かけて課税（前年所得課税）

たとえば、2025年の所得に対する所得税は2025年に課税されますが、住民税は2026年6月から課税されます。

3．税率構造

• 所得税：5％〜45％の超過累進税率
• 住民税（所得割）：原則一律10％（市区町村民税6％＋都道府県民税4％）

住民税には所得に関係なく一定額を負担する「均等割」がありますが、所得税にはありません。

給与計算では、所得税は今の年収・控除をもとにした概算額を毎月天引き、住民税は前年の所得をもとに市区町村から届く「特別徴収税額決定通知書」に沿って天引きと、計算ロジックとタイミングがまったく違うので、混同しないようにしましょう。

所得税率とは？

所得税率は、課税所得の金額に応じて5％から45％まで7段階に分かれています。日本では「超過累進税率制度」を採用しており、所得が高くなるほど税率が上がる仕組みです。

ただし、所得の全額に高い税率がかかるわけではありません。所得を金額ごとの区分に分け、各区分にあてはまる税率をかけて計算します。具体的な区分と税率は、次の速算表のとおりです。

出典：『No.2260 所得税の税率』国税庁

所得の低い人は少ない税負担に、所得の高い人は相対的に多くの税負担になり、負担のバランスをとっています。

なお、平成25年から令和19年までの期間は、東日本大震災からの復興財源を確保するため、算出された所得税額に対して2.1％の復興特別所得税が上乗せされます。

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所得税計算の基本ステップ

所得税の計算は、一気にやろうとすると複雑に見えますが、5つのステップに分解すると整理して理解できます。

1. 年間収入（給与収入など）を確定する
2. 1から給与所得控除などを差し引き、「給与所得」など各所得を求める
3. 各種所得控除を差し引いて「課税所得金額」を求める
4. 課税所得金額に税率をかけ、速算表で所得税額を計算する
5. 税額控除や復興特別所得税を反映し、源泉徴収額との差額を調整する

給与所得者の場合、毎月の源泉徴収はあくまで概算です。年末調整で5ステップを1年分まとめて行い、最終的な納税額または還付額を確定させています。

復興特別所得税は、2037年まで所得税額の2.1％が追加で課税されるため、最終的な納税額を求める際には「所得税額＋復興特別所得税額」の合計額が実際の納税額です。

年間収入から非課税手当などを引く（＝給与所得）

年間の給与収入が確定したら、まず給与所得控除を差し引いて給与所得を求めます。

給与所得控除は、給与所得者の必要経費に相当するものです。収入金額に応じて控除額が決定します。

給与所得控除額は、収入に応じて、以下のように計算が可能です。

出典：『No.1410 給与所得控除』国税庁

2025年の税制改正により、給与所得控除の最低額などは順次見直されました。実務では、必ず最新の国税庁資料や給与計算システムの設定を確認しましょう。

参照：『令和７年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について』国税庁

また、年間収入を計算するときには、次のような非課税手当は含めません。

• 通勤手当（月額15万円以下の範囲）
• 一定額以下の宿直手当・出張旅費
• 実費弁償的な出張旅費・日当 など

所得税の課税対象外となる手当は、給与収入の合計額から除外します。

計算例

年収400万円の会社員を例に、給与所得を計算してみましょう。

1．給与所得控除

区分：360万円超〜660万円以下

→ 400万円 × 20％ ＋ 44万円 ＝ 80万円＋44万円 ＝ 124万円

2．給与所得

400万円 − 124万円 ＝ 276万円

数字だけ並べるとやや難しく感じるかもしれませんが、イメージとしては「年収のうち、働くための経費」として124万円をまず差し引き、残った276万円に税率をかけるという流れです。

自分や従業員の年収にあてはめて、大まかに給与所得を出してみると理解が深まります。

年間収入から所得控除をする（＝課税所得金額）

給与所得を求めたら、次は「所得控除」を差し引いて「課税所得金額」を出します。

所得控除は、次のような「納税者個人の事情」を、税額に反映させる仕組みの一つです。

• 家族構成
• 社会保険料や生命保険料などの支出
• 医療費や寄附金

代表的な所得控除の種類は次のとおりです。全部で15種類あります。

• 基礎控除：58万円（合計所得金額2,400万円以下の場合）
• 扶養控除：38万円（一般扶養親族1人あたり）
• 配偶者控除：38万円（配偶者の合計所得金額48万円以下の場合）
• 社会保険料控除：支払った社会保険料の全額
• 生命保険料控除
• 医療費控除　など

2025年の税制改正により、基礎控除額は合計所得金額に応じて58〜95万円の範囲で適用されるよう見直されました。多くの給与所得者は上限に近い控除額を受けられます。

参照：『令和７年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について』国税庁

なお、混同されやすいのが給与所得控除との違いです。

• 給与所得控除：「給与収入」に応じて一律に差し引かれる控除。必要経費の扱い
• 所得控除：家族構成や支出状況に応じて差し引かれる控除。調整の扱い

給与所得控除は必要経費の扱い、所得控除は家族構成や支出に応じた調整の扱いです。整理しておきましょう。

計算例

給与所得276万円の会社員が、次の控除を受けられると仮定して、課税所得金額の計算例を紹介します。

適用される所得控除は以下の3つとします。

• 基礎控除：58万円
• 扶養控除：38万円（一般扶養親族1人）
• 社会保険料控除：40万円

この場合の課税所得金額は次のとおりです。

次のステップでは、この140万円に税率をかけて、所得税額を算出します。

課税所得金額に所得税率をかける（＝所得税）

課税所得金額が確定したら、所得税の速算表を使用して、所得税額を計算します。

速算表を使用した計算式は「所得税額 ＝ 課税所得金額 × 税率 − 控除額」です。速算表を再掲します。

出典：『No.2260 所得税の税率』国税庁

計算例

課税所得が140万円の場合、速算表にあてはめると、税率5％、控除額0円です。所得税は以下のとおり7万円と計算されます。

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所得税計算の調整ステップ

ここまで所得税計算の基本を紹介してきましたが、前段落で求めた7万円は、あくまで税率をかけただけの値です。

実際の納税額を決めるには、次の調整を行います。

1. 所得税額から税額控除を適用し、「基準所得税額」を求める
2. 復興特別所得税（基準所得税額×2.1％）を加算する
3. 源泉徴収済みの税額と差し引きして、納める（or 還付される）税額を確定する

1．所得税額から税額控除を適用する（＝基準所得税額 ）

まず前段落で求めた所得税額から、税額控除を差し引きます。

税額控除とは、算出された所得税額そのものから一定額を直接差し引く仕組みです。所得控除が「所得から差し引く」のに対し、税額控除は「税額から差し引く」ため、節税効果が大きくなっています。

代表的な税額控除は、以下のとおりです。

• 住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）：年末のローン残高の0.7％を控除
• 配当控除：配当所得の10％または5％を控除
• 外国税額控除：二重課税を避けるための控除
• 政党等寄附金特別控除：寄附金額から2,000円を差し引いた金額の30％を控除

また基準所得税額は、以下の式で計算します。

計算例

課税所得500万円の会社員が、税額控除として住宅ローン控除10万円を受けられると仮定して、基準所得税額の計算例を紹介します。

速算表にあてはめると、税率20％、控除額42万7,500円です。所得税額は、以下のとおり57万2,500円と計算されます。

ここから税額控除として、住宅ローン控除10万円を差し引き、基準所得税額を求めます。

住宅ローン控除のような税額控除は、家計の負担を抑えるうえで大きな役割を果たします。

条件を満たしているのに申告していないケースも少なくないので、年末調整や確定申告の際に漏れがないか確認しておきたいところです。

基準所得税額に復興特別所得税を加算する

次に基準所得税額に、復興特別所得税を掛け算します。

復興特別所得税は、東日本大震災からの復興財源確保を目的とした税金です。基準所得税額に対して2.1％の税率で上乗せされ、平成25年から令和19年まで課税される予定です。1円未満の端数は切り捨てされます。

復興特別所得税額は所得税とあわわせて納付する必要があり、給与所得者である会社員は源泉徴収（天引き）されます。

計算例

基準所得税額が47万2,500円の場合、復興特別所得税の計算例を紹介します。

所得税と復興特別所得税を合計すると、以下のとおりです。

48万2,422円が1年間に納めるべき所得税等の総額となります。

数字だけ並べると淡々としていますが、復興特別所得税のような加算税は少額でも、年間を通じれば負担感を感じる人もいます。住宅ローン控除や扶養控除など、控除漏れがないようにすることが大切です。

源泉徴収税額を引く（＝納税する所得税額）

最後に、すでに源泉徴収されている税額との差額を計算します。給与所得者の場合、毎月の給与から源泉徴収税額表に基づいて、所得税と復興特別所得税が天引きされています。

年末調整で、以下の計算によって、過不足を精算することが必要です。

計算結果がマイナスなら従業員へ還付金が支給され、プラスなら追加で徴収されます。

計算例

次の条件で、最終的な納税額の計算例を紹介します。

• 年税額（所得税＋復興特別所得税）：48万2,422円
• 年間の源泉徴収税額：50万円

1万7,578円分、払いすぎた税金が戻るという結果になりました。

会社員であれば、多くの場合は年末調整で自動的に完結しますが、副業がある人や個人事業主は、確定申告で自分で調整する必要があります。

所得税がかかるのは年収いくらから？ 引かれる条件は？

所得税がかかる年収の基準は、家族構成や働き方によって変わります。

• 給与所得者（会社員）：年収160万円〜
• 給与所得者（パート・アルバイト）：年収160万円〜
• 個人事業主：年間所得95万円〜

正社員とパート・アルバイト、個人事業主では、適用される控除の種類と金額が違うためです。

会社員

会社員の場合、年収が160万円を超えると所得税の課税対象になります。

基礎控除95万円に加えて給与所得控除65万円が適用されるため、合計160万円までは所得税がかかりません。

従来よくいわれていた「103万円の壁」は、基礎控除48万円＋給与所得控除55万円をもとにした目安でした。

2025年の税制改正で、基礎控除や給与所得控除の額が見直されているため、実際の非課税ラインは段階的に変化しています。

そのため、「年収○○万円だから必ず課税・非課税」とはいい切れない点に注意が必要です。

年収160万円を月単位で換算すると、社会保険料などを差し引いた月収が10万5,000円を超えた時点で源泉徴収が始まります。10万5,000円を下回る月は所得税が引かれないため、パートやアルバイトにとっては目安となるでしょう。

収入が年収基準に近いと、年末の勤務時間やシフトを調整して、働き控えをする人も多いといいます。

パート・アルバイト

パート・アルバイトも、会社員と同じ「給与所得者」です。

したがって、考え方は会社員と同じで、給与所得控除＋基礎控除＋各種所得控除の合計額を超える所得があるかどうかで所得税の有無が決まります。

パート・アルバイトの場合も、年収1601万円を超えると所得税が課税されます。基礎控除95万円と給与所得控除65万円の合計が160万円になることが理由です。

年収160万円を月単位で換算すると、社会保険料などを差し引いた月収が10万5,000円を超えた時点で源泉徴収が始まります。

また、複数の勤務先で短時間勤務をしている場合は、すべての給与を合算した金額で判定しなければなりません。

160万円を超えると本人に所得税が課され、配偶者の扶養から外れます。さらに130万円を超えると社会保険の扶養からも外れ、自分で社会保険料を負担する必要があります。

なお、学生は勤労学生控除27万円を受けられるため、年収187万円まで所得税がかかりません。

個人事業主

個人事業主の場合、所得税がかかる基準は、原則として年間所得95万円超です。会社員とは異なり、年収ではなく「所得」で考えます。

所得とは、売上から必要経費を差し引いたあとの金額です。たとえば、年間売上が200万円でも経費が105万円かかれば、所得は95万円であり、課税対象にはなりません。

ただし、青色申告特別控除（65万円）を活用すれば課税ラインは引き上がり、基礎控除95万円＋青色申告特別控除65万円＝合計160万円まで非課税です。

所得税と人事労務業務の関連

所得税は、人事労務・給与担当者にとって欠かせない要素の一つです。日常の多岐にわたる業務に関係しています。

• 毎月の給与計算での源泉徴収
• 年末調整での1年分の精算
• 給与明細の作成
• 源泉所得税の納付手続き

各業務のなかで従業員から問い合わせがあった際、一連の流れを理解し、適切な説明ができることは大切です。人事労務担当者の目線で、おさえておきたいポイントを紹介します。

給与明細項目の所得税の意味

給与明細の「所得税」欄は、その月に源泉徴収された所得税＋復興特別所得税の合計額が記載されています。

この源泉徴収金額は、最終的な税額ではなく仮の支払いです。毎月の給与支給のたびに、国に前払いしているイメージです。

国税庁の「給与所得の源泉徴収税額表」に基づき、以下の要素を考慮して決まります。

• 支給額
• 社会保険料控除後の金額
• 扶養親族の有無・人数
  

従業員ごとの計算式が違うので、同じ部署でも所得税額に差が出るのは自然なことです。

人事労務担当者として、確認しておきたいのは、次の3つです。

• 社会保険料控除後の金額・扶養人数など、税額表の前提となる情報に誤りがないか
• 非課税扱いの通勤手当が限度額（15万円）を超えていないか、その超過分が課税対象として処理されているか
• 明細の所得税額が、「該当する欄の税額表」と整合しているか
  

以上をおさえておくと、社員からの質問にも、落ち着いて説明しやすくなります。

月々の源泉徴収と年末調整・確定申告

前の段落で触れたように、毎月の源泉徴収される所得税額はあくまで「概算」です。1年分の正確な所得税額を調整するのが、年末調整の役割です。

【所得税の精算手順】

1. 1年間の給与・賞与を集計
2. 給与所得控除や各種所得控除（基礎控除・扶養控除・社会保険料控除など）を反映
3. 「本来支払うべき所得税額」を計算し直し
4. 月々の源泉徴収額との過不足を精算

払いすぎていれば還付、不足していれば追徴になります。多くの会社員は、年末調整を行うことで、みずから確定申告をする必要がありません。

一方で、次の対象者は、年末調整後も確定申告が必要になる場合があります。

• 副業などで一定額以上の所得がある人
• 医療費控除や寄附金控除（ふるさと納税など）を自分で申告したい人
• 住宅ローン控除の初年度　など

人事労務担当者が行う主な対応は次のとおりです。

• 年末調整に必要な申告書・控除証明書の案内・回収
• 回収内容をもとにした控除反映・還付／追徴の計算
• 年末調整後の源泉徴収票の発行（紙 or 電子）と従業員への交付
• 確定申告が必要になりそうなケースを、従業員に簡単に案内

所得控除の影響

本記事で解説してきたように、所得控除をどう反映するかが所得税計算のスタートです。給与所得者が利用できる控除は15種類以上あり、以下は一例です。

• 基礎控除
• 配偶者控除・扶養控除
• 社会保険料控除
• 生命保険料控除・地震保険料控除
• 小規模企業共済等掛金控除　など
  

控除額を合計すると、課税される所得は少なくなります。反対に、控除の反映漏れや入力ミスがあると、本来より多くの税金が引かれてしまいます。

たとえば、扶養の人数が1人少なく入力されていたり、小規模企業共済の掛金が控除に反映されていなかったりすると、従業員にとっては「知らないうちに税金を払いすぎている」状態になりかねません。

給与計算に誤りがないよう、人事労務担当者は、以下のようなポイントに注意しながら対応したいところです。

• 従業員から提出された申告書・控除証明書の内容を確認する
• 労務管理システムや年末調整システム、給与計算ソフトへの入力・データ連携に誤りがないかチェックする
• 控除に関する社内案内を行い、「どんな書類を出すと税額に影響するのか」を伝えておく
  

給与計算や年末調整のミスは従業員の不信感につながり、結果的に企業の信頼を損なうおそれがあります。確定申告での還付手続きが必要となる前に、正確な処理を徹底しましょう。

所得税の納付方法

所得税の納付方法は、立場によって2つのパターンがあります。

• 給与所得者（会社員など）：会社が源泉徴収した所得税を取りまとめて納付
• 個人事業主・副業収入がある人：自分で確定申告を行い、申告に基づいて納税

会社が行う源泉所得税の納付は、法令で義務づけられています。納付を怠ったり遅れたりすると、不納付加算税や延滞税などのペナルティの対象となるため、納付期限の管理は人事・経理にとって重要な実務です。

次のような手続きのオンライン化も進んでいるため、システムを上手に活用して、手作業の負担や納付漏れのリスクを減らすことが重要です。

• e-Taxを利用した電子申告・電子納税
• ダイレクト納付
• インターネットバンキングでの納付

納付方法も多様化しており、電子納税やダイレクト納付など効率的な方法を選択することで業務の負担軽減につながります。

参照：『所得税の確定申告』国税庁

まとめ

人事労務担当者は、所得税の基本と、源泉徴収・年末調整・各種控除の関係を理解しておくことが重要です。正確な理解で、従業員からの質問に答えやすくなり、誤った控除や計算ミスも防ぎやすくなります。

所得税の計算には多くの控除や税率区分がかかわるため、毎月の給与計算や年末調整をすべてアナログ作業で行うのは負担が大きく、ミスの原因にもなります。

専用の給与計算システムを活用して計算処理を自動化し、入力内容や控除証明書の確認に時間を割けるようにすることで、正確な税務処理と生産性向上につながるでしょう。

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