マイナンバー管理の収集・利用・保管・廃棄まで徹底解説｜企業の義務と法律も

企業における従業員のマイナンバー管理は、制度の開始以来、法律で義務づけられています。マイナンバーは個人情報の中でも機密性が高い情報であるため、国が定めるガイドラインに沿って収集・利用・保管・廃棄までポイントをおさえることが重要です。

本記事では、企業におけるマイナンバーの管理方法や法的義務、管理の注意点や効率化の手法まで徹底解説します。

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目次

マイナンバー管理とは？制度の基礎知識

マイナンバーとは、日本で住民票を持つすべての人に与えられる12桁の番号です。社会保障や税、災害対策など法令や条例で定められた行政手続きで利用されます。

マイナンバーは、氏名や住所などの個人情報と結びつくことで「特定個人情報」として扱われます。そのため、通常の個人情報よりも利用範囲が限定されており、取得・利用・保管・廃棄まで、社内で適切に管理する体制が求められます。

企業が管理するマイナンバーの対象

企業が管理するマイナンバーの対象は、主に従業員本人、従業員の扶養家族、退職者、個人事業主などの外部支払先です。

企業が社員番号の代わりに使ったり、人事評価や勤怠管理に利用したりすることはできません。たとえ本人の同意があっても、法令で定められた目的の範囲内でのみ利用が可能です。

企業のマイナンバー管理の目的

企業がマイナンバーを管理する目的は、社会保障や税に関する法定手続きを行うためです。

人事労務の実務では、入社・扶養追加・年末調整・退職などの場面でマイナンバーを扱うため、利用目的と業務フローを整理しておく必要があります。

マイナンバー管理に関する法律・ガイドライン

企業のマイナンバー管理では、主にマイナンバー法、個人情報保護法、個人情報保護委員会のガイドラインなどを踏まえる必要があります。

企業は、これらのルールに沿って利用範囲や管理方法を定めます。

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会社のマイナンバー管理は誰が担当する？

会社のマイナンバー管理は、人事・労務・総務・経理など、社会保険や税務手続きにかかわる部署が担当するケースが一般的です。

企業によっては、管理部門がまとめて管理したり、社労士や税理士に一部業務を委託したりする場合もあります。

複数の部署がかかわる場合、マイナンバーを取り扱う事務の範囲を整理したうえで、事務取扱担当者を決めておく必要があります。

社労士や税理士、給与計算代行会社などに委託する場合も、委託範囲を事前に確認しておきましょう。

マイナンバー管理の4つの手順

企業のマイナンバー管理は、「必要なときに収集する」「決められた目的だけで利用する」「安全に保管する」「不要になったら廃棄する」という流れで行います。

各ステップごとの、マイナンバーの取り扱い手順を以下で確認していきます。

収集する

企業は、社会保険や税務などの手続きに必要な場合、従業員や支払先などからマイナンバーを収集します。

マイナンバーを取得する際は、あらかじめ本人に利用目的を伝えたうえで、番号確認と身元確認を行います。

マイナンバーカードなら、1枚で番号確認と身元確認が可能です。

従業員の扶養家族のマイナンバーを収集する場合も、利用目的を明示したうえで、必要な範囲で取得します。

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利用する

収集したマイナンバーは、マイナンバー法で定められた「社会保障」「税」「災害対策」

の3領域で利用が可能です。

企業が従業員のマイナンバーを扱うのは、社会保険や税務手続きにおいて、行政機関や健康保険組合に情報を提供する際に限られるでしょう。

なお、グループ会社や派遣先など、異なる事業所との間でマイナンバーを共有することはできません。出向や転籍の際は、新たにマイナンバーの収集が必要です。

注意したいのは、派遣社員のマイナンバー収集です。派遣社員はあくまでも派遣元の会社に所属しているため、派遣先である企業がマイナンバーを利用できません。

保管する

企業は、社会保険や税務に関する手続きで必要な間、従業員や支払先のマイナンバーを保管できます。

たとえば、雇用契約が続いている従業員については、年末調整や社会保険手続きなどで継続して利用する可能性があるため、必要な範囲で保管します。

ただし、マイナンバーは必要がない状態で保管し続けることはできません。利用目的や保存期間を確認し、不要になった情報を残さないようにする必要があります。

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廃棄する

従業員の退職などにより、マイナンバーを利用する必要がなくなった場合は、すみやかに廃棄します。

廃棄の対象は、マイナンバーが記載された書類や、マイナンバーを含む電子データです。紙の書類は復元できない方法で処分し、電子データも復元できない状態にします。

ただし、法令で保存期間が定められている書類にマイナンバーが記載されている場合は、その期間を優先します。保存期間が過ぎたら、廃棄日や廃棄方法を記録し、廃棄漏れを防ぎましょう。

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マイナンバー管理で整備すべき規程

マイナンバーを適切に管理するには、ガイドラインに沿って、社内で取り扱いルールを定めておく必要があります。

担当者によって対応が変わらないように、基本方針や取扱規程などを整備することが求められています。

基本方針の策定

まずは、企業としてマイナンバーをどのように取り扱うのかを示す基本方針を策定します。

具体的には、以下のような内容をまとめます。

【基本方針に記載する主な項目】

• 事業者名
• 関係法令・ガイドラインを遵守すること
• 安全管理措置に関すること
• 問い合わせ・苦情処理の窓口

基本方針の策定は義務ではありませんが、社内の考え方を明確にしておくことで、退職や引き継ぎがあっても、安全にマイナンバー管理を行うことが可能です。

取扱規程などの策定

マイナンバーを適切に管理するためには、ガイドラインに基づき、取扱規程や運用ルールを整備しておくことが重要です。個人情報保護委員会のガイドラインでは、事業者に対して安全管理措置を講じることを求める一方で、中小規模事業者（従業員100人以下）については、実務に配慮した特例的な対応方法も示されています。そのため、企業規模に応じて適切な管理体制を整えつつ、取得・利用・保管・廃棄までの流れや、事務取扱担当者、責任者、管理方法を明確にしておく必要があります。

マイナンバー管理の取扱規程（特定個人情報取規程）は、取得から廃棄までの対応とあわせて、事務取扱担当者や責任者、管理方法を明確にするものです。

【取扱規程で定める主な項目】

• マイナンバーを取り扱う事務の範囲
• 事務取扱担当者・責任者
• 取得時の本人確認方法
• 利用・提供できる範囲
• 保管方法
• 廃棄方法
• 漏えい時の対応方法

マイナンバー管理に必要な安全対策（安全管理措置）

取扱規程には、4つの安全管理措置を盛り込む必要があります。いずれもマイナンバーの漏えいや紛失、不正利用を防ぐために必要な措置です。

組織的安全管理措置

組織的安全管理措置とは、マイナンバーを取り扱うための社内体制を整えることです。

具体的には、事務取扱担当者や責任者を決め、取扱規程に沿って運用できる体制を整えます。また、マイナンバーの管理状況を確認する方法や、漏えいなどが発生した場合の報告・対応手順も定めておきます。

誰が、どの業務で、どの範囲のマイナンバーを扱うのかを明確にすることが重要です。

人的安全管理措置

人的安全管理措置とは、マイナンバーを取り扱う担当者に対して、適切な監督や教育を行うことです。

マイナンバーは利用範囲が限られているため、担当者がルールを理解しないまま取り扱うと、目的外利用や漏えいにつながるおそれがあります。

担当者には、取得・利用・保管・廃棄のルールや、外部への持ち出し禁止、第三者への共有禁止などを周知しておきましょう。

物理的安全管理措置

物理的安全管理措置とは、マイナンバーが記載された書類や記録媒体を安全に管理するための対策です。

マイナンバーが記載された書類や記録媒体は、鍵付きのキャビネットへの保管や持ち出し制限など、担当者以外がアクセスできない環境で管理します。

とくに紙で管理する場合は、保管場所と持ち出しルールを厳重に決めておきましょう。

マイナンバーをクラウド管理する場合は、誰がいつ情報にアクセスしたのかがわかるよう、ログを残してセキュリティを強化することも可能です。

技術的安全管理措置

技術的安全管理措置とは、マイナンバーを管理するシステムや電子データへの不正アクセスを防ぐための対策です。

具体的には、次のようなものが挙げられます。

• アクセス権限の設定
• ID・パスワードの管理
• ウイルス対策ソフトの導入
• 外部からの不正アクセス対策

エクセルやマイナンバー管理システムで管理する場合は、誰が閲覧・編集できるのかを制限し、担当者以外が確認できない状態にしておく必要があります。

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企業のマイナンバー管理における注意点

マイナンバー管理では、収集・利用・保管・廃棄の各手順を定めるだけでなく、日々の運用でルールが守られる状態をつくる必要があります。

ここでは、企業がマイナンバーを管理する際に注意したいポイントを解説します。

保管方法を定期的に見直す

マイナンバー管理は、状況にあわせて方法を見直すことが大切です。

従業員数の増加や担当者の変更があると、従来の管理方法では対応しにくくなる場合があります。保管場所や持ち出しルール、パスワード管理、閲覧権限などに無理がないか、定期的に確認します。

アクセス権限を限定する

マイナンバーを管理する部署や担当者が増えると、漏えいや目的外利用のリスクも高まります。

人事・労務・総務・経理など複数の部署がかかわる場合は、各部署がどの手続きでマイナンバーを利用するのかを整理し、必要な担当者だけが閲覧できるようにします。

紙で管理する場合は、保管場所の鍵を扱える担当者を限定します。電子データで管理する場合は、閲覧・登録・修正・削除の権限を分け、誰がどの情報にアクセスできるのかを明確にしておくことが大切です。

廃棄ルールを徹底する

退職者や不要になった書類のマイナンバーが残り続けると、漏えいリスクにつながります。

廃棄対象と廃棄時期、廃棄方法、誰が確認し、どのように記録するかまで、社内で決めておきましょう。

紙の書類であれば、シュレッダー、焼却、溶解処分などの方法があります。電子データの場合は、単にファイルを削除するだけでなく、復元できない状態にします。

廃棄漏れがないか確認できる体制を整えましょう。

委託先の管理体制を確認する

社労士や税理士、給与計算代行会社などにマイナンバーを含む業務を委託する場合も、会社側の管理責任がなくなるわけではありません。

委託は収集や手続きの負担を減らせる一方で、次のような委託先の管理体制を確認する必要があります。

• 委託範囲
• マイナンバーの受け渡し方法
• 保管・廃棄のルール
• 再委託の有無

自社管理を続けるのか、システムを導入するのか、外部へ委託するのかは、従業員数やセキュリティ体制を踏まえて判断しましょう。

漏えい時の対応手順を決めておく

マイナンバーは特定個人情報にあたるため、漏えいが発生した場合の影響は計り知れません。

万が一に備えて、社内の報告先、事実確認の方法、本人への連絡、個人情報保護委員会への報告が必要になるケースを理解しておきましょう。

事故が起きてからだと、初動が遅れます。担当者だけで判断せず、管理部門や責任者にすぐ共有できる体制を整えておくことが必要です。

マイナンバー管理におけるリスクと罰則

マイナンバーは特定個人情報にあたるため、通常の個人情報よりも慎重な取り扱いが求められます。

企業がマイナンバーを適切に管理できていない場合、情報漏えいや目的外利用などのリスクが生じます。違反内容によっては、罰則の対象となる場合もあるため注意が必要です。

漏えいリスク

マイナンバーが漏えいすると、従業員本人や扶養家族、外部支払先などの重要な情報が外部に流出するおそれがあります。

たとえば、マイナンバーが記載された書類の紛失、共有フォルダでの誤共有、担当者以外による閲覧、廃棄漏れなどが漏えいにつながる可能性があります。

漏えいが発生した場合、本人対応や関係機関への報告が必要で、再発防止策の整備まで求められます。

違反時の罰則

マイナンバーを法令で定められた目的を逸脱したり、理由なく外部に提供したりすると、管理違反となります。

マイナンバーを管理する事業者が、正当な理由なく特定個人情報ファイルを提供すると、4年以下の拘禁刑もしくは200万円以下の罰金、またはその両方が科されるため注意が必要です。

罰則は意図的な行為だけでなく、管理の不備による結果も含まれます。担当者任せにせず、組織として管理体制を整えなければなりません。

マイナンバー管理を効率化する手法

マイナンバー管理では、取得から廃棄までのルールを守りながら、安全に運用する必要があります。紙やエクセルでの管理が続くと、確認作業や保管、廃棄の管理に手間がかかりやすくなります。

従業員数が増えている企業や、複数部署でマイナンバーを扱う企業では、管理方法の見直しも検討しましょう。

紙やエクセルでも大丈夫？

マイナンバーは、紙やエクセルで管理すること自体が禁止されているわけではありません。

ただし、従業員数が増えたり、入退社や扶養変更が多くなったりすると、確認作業や更新作業の負担が増えるます。、また、漏えいや紛失を防ぐため、安全管理措置を満たすことも必要です。。

そのため、アクセス制限や管理履歴を残せる電子化への移行も一案です。

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マイナンバー管理システムでできること

マイナンバー管理システムを使うと、管理の効率化が期待できます。

たとえば、従業員からのマイナンバー提出、本人確認書類の回収、アクセス権限の設定、操作履歴の確認、廃棄対象の管理などをシステム上で行えます。

紙の書類を保管するスペースを減らし、担当者の確認作業や管理負担を軽減しやすくなる点もメリットです。

▼マイナンバー管理システムの機能や選び方については、次の記事で詳しく紹介しています。

マイナンバークラウド活用の確認事項

クラウドでマイナンバーを管理すると、場所を問わずに情報を管理しやすくなります。

マイナンバークラウドの場合、注意したいのは、セキュリティ対策やアクセス権限、操作ログ、委託先の管理体制などの安全性を確認することです。

▼マイナンバーをクラウドで安全に管理する方法や確認事項は、次の記事で詳しく紹介しています。

2025年マイナンバー法の改正ポイント

2025年に、マイナンバー法および住民基本台帳法の一部改正法が公布されました。マイナンバーを利用できる事務の範囲が広がり、利便性の向上が進められています。

【利用が拡大した事務の範囲】

• 司法書士、公認会計士、獣医師、電気工事士など、国家資格等に関する事務
• その他の行政事務

これにより、行政手続きで必要な情報連携が進み、申請時の添付書類の省略や手続きの効率化が期待されています。

企業への影響と対応策

企業の人事労務実務では、これまでのように、社会保険や税務など法令で認められた範囲が中心です。改正によって、企業のマイナンバー管理が大きく変わるわけではありません。

ただし、マイナンバーを利用できる事務が広がることで、関連する手続きや委託先とのやり取りに影響が出る可能性があります。

参考：『行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律及び住民基本台帳法の一部を改正する法律案』デジタル庁

まとめ

マイナンバー管理は、必要な範囲で収集し、決められた目的で利用し、安全に保管し、不要になったら廃棄する流れを社内で徹底することが重要です。

紙やエクセルでの管理も可能ですが、従業員数や入退社の頻度が増えるほど、確認漏れや廃棄漏れのリスクは高まります。自社の運用状況にあわせて管理方法を見直し、マイナンバーを安全に扱える体制を整えましょう。